Dette er en klovnete familiekomedie fullpakket med action. Funky Monkey begynner når sjimpansetrener Alec McCall (Matthew Modine) redder Clemens fra ZIT (de foretrekker at du kaller dem Zoologisk Internasjonal Teknologi), et ondt aksjeselskap som planlegger å gjøre sjimpansen om til et våpen slik at de kan ta over verden. Under flukten får paret et mye vanskeligere oppdrag enn det ZIT hadde tenkt seg: lære nerden Michael hvordan han virkelig kan gi skolens bøller en omgang og vinne drømmejenta. Men det kan vise seg å bli en umulig oppgave når ZIT dukker opp - og de har ikke kommet for å drive apestreker.