Robert Redford spiller den nyansatte fengselsdirektøren som mot alle odds forsøker å reformere et fengsel i Midtvesten i USA til fordel for fangene. Han møter ikke bare motstand fra korrupte ansatte og fengselsstyret, enkelte av de innsatte gjør også det de makter for å bli kvitt ham. Men Brubaker trosser all motstand, og blir etterhvert klar over at det ikke bare handler om å bedre forholdene for fangene. Fengslet skjuler en mørk hemmelighet. Filmen bygger på en sann historie fra et Arkansas-fengsel på slutten av 60-årene.