To år er gått siden beskjedne Peter Parker vendte ryggen til sin store kjærlighet Mary Jane Weston, fast bestemt på å bekjempe kriminalitet som sitt alter ego Spider-Man. Peter møter nye utfordringer i slitet med å takle "gaven og forbannelsen" som ligger i de overmenneskelige kreftene og egenskapene hans, samtidig som han skal forsøke å balansere sine to forskjellige identiteter - som Spider-Man og som collegestudent. Nå står forholdene til hans nærmeste på spill i et livsfarlig møte med den mektige, multitentaklede skurken Doctor Octopus alias Doc Ock!