I sesong 3 flykter gruppen fra det parallelle universet – med unntak av Olivia. Hun forblir innesperret i den andre verdenen, mens en dobbeltgjenger i hennes egen verden gjør det som var et forsiktig forhold til Peter om til en full kjærlighetsaffære. Når Olivia kommer tilbake slites de mellommenneskelige båndene, mens flere underlige og fryktinngytende hendelser oppstår og hemmeligheter fra 1985 truer med å ødelegge alt.