J har sett en del uforklarlige ting i sine 15 år med mennene i svart, men ingenting, ikke engang romvesener, forvirrer ham så mye som hans ironiske og tilbakeholdne partner. Men når livet til K og hele planetens skjebne settes på spill, må agent J reise tilbake i tid for å ordne opp. J oppdager at det finnes hemmeligheter i universet som K aldri fortalte ham om - hemmeligheter som vil bli avslørt når han slår seg sammen med den unge Agent K (Josh Brolin) for å redde sin partner, byrået og menneskehetens fremtid.