I ”Aquarius” spiller David Duchovny Sam Hodiak, en dekorert veteran fra andre verdenskrig, som nå er politi ved drapsavsnittet. Det er sekstitall, og Sam kjenner knapt igjen sin ungdoms USA. Nå preges landet av langt hår og fri kjærlighet, billig narkotika, demonstrasjoner og politibrutalitet. I serien flettes virkelige hendelser og personer sammen med fiktive individer og sammenhenger.