I oppfølgeren til Austin Powers-Agenten som kom ut av fryseren, treffer vi igjen Dr.Evil. Han har nå reist tilbake til 60-tallet og stjålet Austin Powers "Mojo". Alle vet at en mann og hans "Mojo" aldri må skilles, og Austin må derfor tilbake til det svingende 60-tallet å jakte. Hans mojo er hans livskraft, hans sex-lyst, og dermed hemmeligheten bak hans suksess både blant damer og som ustoppelig spion. Jakten på verdens mest hyperaktive mojo er nødvendig for å hindre Dr. Evil i å ødelegge hele verden på 90-tallet.