Vi starter der sesong tre avsluttet. Vi finner McGarrett og Wo Fat fanget av ukjente angripere i et interneringsanlegg i sesong 4 i Hawaii Five-0, noe som tvinger McGarrett til å bryte loven og gå mot seg selv for å finne en kidnappet Catherine. I mellomtiden blir Kono og Adams hemmelige lokasjon i Hong Kong utsatt, og Kono og Adam kjemper for å holde seg i live når deres skjulested blir oppdaget.