Akkurat når du trodde at Phineas og Ferb hadde gjort alt (inkludert å vinne en Emmy), tar de sine eventyr til en helt ny dimensjon i sin første langfilm – Phineas og Ferb i den 2. Dimensjon. Når Phineas, Ferb og Perry følger etter Dr. Doofenshmirtz gjennom hans ”Andre-dimensjonator”, havner de i et alternativt univers hvor en genuint ondskapsfull Dr. Doof hersker over sitt Trestatsområde, med hjelp av en hensynsløs robotarmé. For å redde sine venner må Perry gi opp sin hemmelige identitet og avsløre at det er han som er Agent P. En episk kamp begynner, mens våre helter prøver å redde sitt hjem unna klørne til den ondskapsfulle Dr. Doof. Vil Dr. Doof oppnå doble verdensmakter? Vil Candace endelig avsløre brødrene sine? Svarene finnes i dette actionfylte eventyret – så svært at det krysser tid og rom.