I kystsamfunnet Lunvik bor redningsskøyta Elias og vennene hans. Etter en storm får Elias problemer med både kaksen Rocke-Gabrielsen II og Redningssentralen. Supplybåten Berte vil trøste Elias og viser ham den flotte Kongshavna. De sniker seg forbi vaktene og inn i Kongshavna. Der overhører de Admiral Pang, Adjutant Hoff og storkaksen Rocke-Gabrielsen II snakke sammen: Kongeskipet er savnet! Kan han ha dratt ut på leting etter Prinsessebåten som ble borte i Svartstraumen for et halvt år siden? Admiral Pang vil bruke den tøffe, kvinnelige marinejegeren Kaptein Krutt og forskningsskipet Sinus til letingen. Adjutant Hoff mener det er lurt med enda en båt og Berte foreslår Elias. Slik blir Elias med på ekspedisjon "Vilden Sky". Det Elias ikke har fortalt Adjutant Hoff, er at han er suspendert som redningsskøyte av Redningssentralen i Storvik Krutt, Sinus og Elias setter kurs nordover. Elias må redde Krutt som insisterte på å krysse Stormkastbukta alene og strandet på et skjær i stormen. Hun er meget imponert og takknemlig. Inntil hun får vite at Elias ikke er redningsskøyte lenger. Elias må ut av ekspedisjonen. Trist til sinns drar Elias bort. Han møter Kongeskipet som forteller at han tror Prinsessebåten lever og at han leter etter henne. Elias melder seg frivillig til å hjelpe Kongeskipet. Sammen trosser de mange farer, men verst av alt er paparazziene som er ute etter siste nytt om kongefamilien! Heldigvis har Elias gode venner som trår støttende til når det gjelder "Elias og kongeskipet" er en helt ny Elias-historie med flere av de kjente og kjære figurene fra TV-serien. I tillegg dukker mange nye fargerike personligheter opp.